延續上一篇 [SAS] Proc Document – Copy 提到過，在跑 proc report 的時候，可以利用 ods document 來生成相關的 metadata 以利之後的再運用。要去後製 metadata，可以使用 proc document 這個 procedure 指令了。
上一次我們是用 的 copy 方式去移動書籤，其實還有 move 這指令。這次我們就用 move 來移動 report。直接先來看看單純用 move 的產出會是什麼樣。同樣我們也會介紹 hide 以及 unhide 這兩個可以調整產出的指令。
台灣的COVID疫苗開打前有很多不良反應的謠傳，但現在全世界比較有規模的統計報告應該只有英國的Yellow Page Summary有發佈，美國因為還沒有給所有廠牌EUA，所以美國的VAERS目前只有Pfizer/Biontech和Moderna兩支疫苗的數據。而這兩支台灣目前還看得到打不到，所以還是AZ的Data比較有幫助。
英國Yellow Page Summary是固定時間出PDF報告，但是PDF不太方便做Sorting和觀察Signal。現在很多Python大神開源可以一步轉PDF ，這次來把轉檔和畫圖過程筆記下來，也順便做個介紹。
英國現在應該是每週定期釋出各廠牌COVID Vaccine SAE summary的PDF檔，目前可以在官方頁面下載。然後還是要先聲明一下，就像Yellow Page釋出report時再次提醒，這份定期報告「非正式報告」，是為了給醫療專業人士參考，並不代表任何結論。此一筆記也是做為練習使用，練習過程的Python code也不完整，其統計內容與現況絕不相符，請勿引用。
UK Yellow Card Summary statement: “This information does not represent an overview of the potential side effects associated with the vaccines. A list of the recognised adverse effects of COVID-19 vaccines is provided in the information for healthcare professionals and the recipient information here. These can also be found on the Coronavirus Yellow Card reporting site. Conclusions on the safety and risks of the vaccines cannot be made on the data shown in the Print alone."
繼續閱讀文章 »相較於傳統的randomized controlled trial (RCT), 適當透過real-world data (RWD), 可在更短的時間內產出real-world evidence (RWE) 以了解藥品/介入之臨床成效與安全性. 而隨著RWE逐漸為先進國家法規單位接受, 又其研究設計與統計方法通常更有變化 (eg. 利用病歷資料庫的研究, 如何定義相關測量變項與干擾因子? 如何避免可能的bias? …etc.), 許多法規/學術單位 (eg. FDA, ISPOR) 均發表過guideline或checklist來建議RWE研究報告中應該呈現之內容. 不過, 因為guideline/checklist還是存在一些模糊的空間, 未能強調細節, 於今年初, BMJ上發表了一篇文章1, 進一步的提供了一個template: STaRT-RWE (Structured Template and Reporting Tool for Real World Evidence) (註), 有助於研究的設計, 報告, 以及研究方法之溝通.
首先, 針對整體之設計, 這篇文章提及了圖示化的方式2, 如下範例. 實際上, 依據Index Date, inclusion/exclusion條件的設計等等, 不同研究可能長得很不一樣.
因為要做periodically medical data review時，有preliminary lab summary能有效幫忙做signal detection和抓outlier。現在有很多web-based medical data review tools，但是遇上不同家sponsor RAVE 倒出來的dataset column都不太一樣，也很難每個案子都去做customization。
感謝現在很多Python大神開源可以無腦做summary table ，這次把try&error的過程做個筆記，也順便做個介紹。
先附上來源：
1．Github: https://github.com/tompollard/tableone
2．JAMIA (Oxford Academia): Tom J Pollard, et al. Tableone: An open source Python package for producing summary statistics for research papers. JAMIA Open, Volume 1, Issue 1, July 2018, Pages 26–31. https://doi.org/10.1093/jamiaopen/ooy012
3．練習用dataset與詳細教學: https://pypi.org/project/tableone/0.3.3/
繼續閱讀文章 »俄國的COVID-19疫苗Sputnik phase 3 期中分析終於在Lancet發表了。這是在西方世界十大藥廠外第一個公佈phase 3 試驗期中報告的疫苗，是個非常有趣的題目。
在上一篇中提到，我們可以利用 proc report 來產生報表，然後可以藉由 proc document 調整書籤的階層讓審閱者可以一目了然並找到要看的肉容。
有兩種方式可以把產出的 report 或是 table 的書籤作移動，copy 或是 move 。今天先來講 copy 的作法。
首先，我們先用 proc document 來分析最後要看到的樣式。以下是 metadata 的樣子。
假設我們最後想看到的是，第一層為"The Report Procedure"，第二層是依照 by Country 來羅列，所以 “Car Brand in Europe" 和 “Car Brand in USA" 要移到 path = \Report#1 的底下。
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